La Misión narra la historia de Rodrigo Mendoza, un ex traficante de esclavos, mercenario y asesino (interpretado por Robert De Niro) que busca su redención convirtiéndose en jesuíta. Para tal propósito deberá viajar hasta la jungla tropical ubicada encima de las cataratas de Iguazú. Allí, seguirá los pasos del padre Gabriel (al que da vida Jeremy Irons) quien, aceptado por los guaraníes sin más armas que su fe y una flauta, crea la misión de San Carlos. La situación dará un vuelco cuando ambos personajes, después de varios años trabajando codo con codo, se ven enfrentados por ideas contrarias en una intensa batalla por la independencia de los nativos. Mientras que Mendoza apuesta por la ley de su espada, Gabriel confía ciegamente en el poder de la oración.

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